第一：孩子的一对等位基因必定是一个来自父亲，一个来自母亲；
第二：孩子不可能带有双亲均没有的等位基因。
这两点是亲子鉴定的基本原理。
也就是说，在肯定孩子的某个等位基因为生父基因，而假设父亲并不带此等位基因时可以排除他为孩子的生父；在肯定孩子的多个等位基因(一般取20个位点)来自于其父亲，而假设父亲也带有这些等位基因时，则判定他99.999%为孩子的生父。
亲子鉴定最多用于涉及子女抚育责任的纠纷，对有争议的婚生子和私生子进行亲缘关系的鉴定。还有，强奸至孕、违规超生，需要对孩子（包括胎儿）亲生父母亲的确定。
在拐骗儿童等刑事案件中孩子身源的认定，可以为丢失孩子的父母与孩子团聚提供保障。另外，由于战争、送养等原因，需要寻找亲人认祖归宗的、在很多刑事案件中根据基因线索寻找凶手的、民事案件中涉及财产继承纠纷的、重大灾难事故中遇难者身份认定的，都有可能借用亲子鉴定。
除父母子女关系外，还可以进行其他亲属关系的鉴定，如祖、孙；叔、侄；兄弟姐妹等，称为血缘关系鉴定。
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