亲子鉴定根据鉴定模式的不同选取的鉴定样本也不一样，常规的鉴定样本有血液、血痕，带毛囊的毛发，口腔拭子等，特殊的鉴定样本有精斑，烟头，指甲，口香糖，牙刷，内裤等等，对于个人隐私亲子鉴定而言，所有能够检测出DNA的鉴定样本都可进行办理，而司法亲子鉴定只能到鉴定机构现场采集血样，胎儿亲子鉴定则女方以羊水，绒毛，静脉血为样本，男方样本则同个人隐私亲子鉴定一致。
不同样本的采集方法各不相同，但是鉴定结果都是同样准确的。DNA亲子鉴定通俗的讲就是，一个个体的DNA从父母处获得，孩子不可能带有父亲或母亲没有的DNA，这是基本的遗传规律。DNA鉴定就是根据这种遗传规律，对父母子的DNA进行检测，如果发现孩子带有父母双方没有的DNA信息，则可排除亲子间关系。如果检测出孩子确实带有父母各一半的DNA信息，再进行一些科学的统计与计算，以排除大规模人群中非父母子关系偶然出现的DNA一致的情况，最终确定父母子关系。
DNA亲子鉴定由于采集的样本性质不同故鉴定方法也有所差异。大体上有以下几种：
一、血液样本采集法：在专业医护人员的帮助下，取2-3毫升抗凝血（无创胎儿亲子鉴定需采集孕妇10ML），装于EDTA 抗凝管中（不能使用肝素抗凝的抗凝管），并做好标记。
二、血痕样本采集法：血痕可以取耳缘血或者指血，婴儿可以采集足跟血。由医护人员取指尖血，滴3-4滴黄豆粒大小的血液于四层医用纱布上，自然晾干。用干净的白纸包住装到纸质信封当中。
三、带毛囊的毛发采集法：孩子未满3周岁时不建议使用毛发采集法。采集毛发时，用力拔下5-10根头发，毛发末端要可见到清晰的毛囊，即毛发根部的白色物质。拔下来的毛发要晾干后再装入袋内，以免毛囊粘到袋子上，影响DNA的提取。不能使用自然脱落或者剪下来的毛发做鉴定。
四、口腔拭子采集法：在采集前，先用清水漱口，特别是还在哺乳期的小孩。然后用单头医用棉签伸入口腔内，在口腔内侧即腮帮子处各刮擦10下，取出棉签，放于干净处阴干。用同样的方法再采集5-8根，以备后用。
DNA鉴定的方法不同，但是有许多同样值得我们注意的地方。比如在样本的采集过程中，要注意采集后样本不能被其他人员所污染，样本采集好后应该晾干再装入信封当中，并在信封上做好相应的标记。
为了确保样本的合格性与鉴定结果的准确性，样本在采集好后应该尽快送至鉴定中心，因为样本的保存时间都是有一定期限的。
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