进行秘密亲子鉴定只能选择个人隐私亲子鉴定，而不能申请司法亲子鉴定，因此亲子鉴定报告书在法律上并不具备效力，无法应用于任何正式事务。鉴定结果仅供个人参考使用。当然，如果秘密亲子鉴定结果表明非亲缘关系，可随后作为起诉的依据，申请司法亲子鉴定。若对方拒继进行合作，可诉诸法院，并提出司法鉴定请求。
为何秘密亲子鉴定无法申请司法鉴定呢?
司法亲子鉴定要求被鉴定人本人亲自携带证件到司法鉴定机构现场申请，签署司法鉴定协议书和告知书。采样时需在司法鉴定机构提供的现场提取血液，而很多地区规定司法亲子鉴定的样本只接受血液，其他样本不予承认。此外，必须在司法鉴定机构内按指纹、拍照并录像。这些措施旨在避免造假以保障司法鉴定的权威性。
司法亲子鉴定报告具有法律效力，可用于出生证明、户口迁移、继承财产、入学、移民等多方面。而秘密进行的亲子鉴定为何缺乏法律效力呢?
秘密亲子鉴定通常隐瞒对方，因此采样和送检往往在未经他人同意的情况下进行，故难以申请司法鉴定。个人隐私亲子鉴定可匿名进行，由此出具的亲子鉴定报告书并不具备法律效力。
唯一的例外情况是，若仅涉及父子或父女关系，可携带孩子前往司法鉴定机构现场申请，从而申请司法亲子鉴定，并据此获得合法效力的亲子鉴定报告书。
若确知孩子非亲生，而妻子拒绝合作进行亲子鉴定，该如何处理呢?
这种情形在日常生活中并不罕见，一些女性坚决反对孩子进行亲子鉴定，甚至对孩子实行严密控制，致使无法进行司法亲子鉴定。
在这种对方不合作的情形下，可向法院提出离婚或民事诉讼申请，由法院委派司法鉴定机构进行亲子鉴定，避免效力上的疑虑。
